Zoteroon tuodut viitteet voidaan haluttaessa järjestää kansioihin, sama viite voi olla useassa kansiossa. Viitteeseen tehdyt muutokset siirtyvät myös muissa kansioissa olevaan samaan viitteeseen.
Luo uusi kokoelma napsauttamalla vasemmalla ylhäällä olevaa keltaista kansiokuvaketta.
Avaa viitetteen tiedot (ruudun oikealla puolella) ja viitetiedon yläpuolelta löytyy muistiinpanot (notes) ja avainsanat (tags) painikkeet.